Studia w Bolonii
Po nieudanej próbie uzyskania dla swego siostrzeńca kanonii fromborskiej biskup warmiński Łukasz Watzenrode, wysłał go latem 1496 r. na studia prawnicze do Bolonii. Funkcjonująca tam od XI w. wieku słynna szkoła prawa odwiedzana była chętnie przez zamożnych Prusaków. Na początku lat siedemdziesiątych XV wieku w Bolonii studiował również Łukasz Watzenrode, który zdobył tam w 1473 r. stopień doktora prawa kanonicznego i przez krótki czas był wykładowcą. W przekonaniu biskupa warmińskiego jurystyczne wykształcenie siostrzeńca wzmocnić miało jego prawo do kanonii fromborskiej, a później ułatwić mu karierę duchowną.
W październiku 1496 r. Kopernik został studentem szkoły prawników w Bolonii i zamieszkał najpierw niedaleko Porta Nuova, a później wraz z bratem przeniósł się w okolice San Salvatore, gdzie mieściły się katedry matematyki i astrologii. Na początku stycznia 1497 r. wpisał się także do albumu niemieckiej nacji jurystów, skupiającej na zasadach terytorialnych młodzież różnych narodowości, m.in. Czechów, Polaków, Litwinów, Węgrów czy Duńczyków, którzy mówili po niemiecku. Jeszcze w tym samym roku w październiku Kopernik otrzymał upragnioną kanonię we Fromborku i odtąd uczył się na koszt kapituły.
Nie znamy dokładnie kolejnych etapów nauki przyszłego astronoma, jednak należy przypuszczać, że zanim został studentem obojga praw musiał wcześniej zdobyć stopień magistra sztuk wyzwolonych. Kopernik starał się dobrze opanować prawo rzymskie (ius civile) wykładane na podstawie tekstów skodyfikowanego przez cesarza Justyniana prawa (Digestów, Instytucji, Kodeksu i Noweli) w interpretacji średniowiecznych glosatorów i komentatorów bolońskich, jak choćby Bartolusa de Saxoferato czy Baldusa de Ubaldi. Niemniej energii siostrzeniec Łukasza Watzenrodego poświęcił zgłębianiu przydatnego mu w karierze duchownej prawa kanonicznego (ius canonici) i to na podstawie Dekretu Gracjana (XII w.) oraz dekretałów Grzegorza IX (Dekretales) czy też Liber sextus Bonifacego VIII, Clementinae Klemensa V, jak i Ekstrawagantów Jana XXII. W czasach Kopernika profesorami prawa byli wybitni humaniści, np. latynista Filip Beroaldo senior, hellenista Antonio Urceo zw. Codrusem, Antonio Burgos, Bartolomeo Bolognini czy filozof Alessandro Achillini (1463-1512). Ten ostatni należał do znanych obrońców Arystotelesa, jednak wykazywał zrozumienie dla badań empirycznych i krytycznie odnosił się do systemu Ptolemeusza.
Domniemywać można, że w Bolonii Kopernik rozpoczął także naukę greki oraz medycyny, którą wykładano na wydziale artes. Nie zrezygnował również z ukochanej astronomii i przeprowadził kilka obserwacji, które potwierdziły jego wcześniejsze wątpliwości na temat geocentrycznego systemu budowy świata. Zaprzyjaźnił się wówczas z profesorem Domenico Marią Novarą z Ferrary (1454-1504) i pomagał mu w prowadzonych obserwacjach astronomicznych. Z nim też w jubileuszowym 1500 roku Kopernik wyjechał do Rzymu, gdzie nie tylko kontynuował swoje obserwacje, ale nawet, jak wspominał później Jerzy Joachim Retyk, wygłosił wykłady o nie znanej bliżej treści.
Literatura